“按照经验来说，第二轮下机的数据量会翻倍。我会采用德布鲁因图算法做混合拼装，把K-mer的值设定好。”
几个实验员们熟练的配置环境，预设脚本。
在输入拼接参数时，负责主干算法的研究院李睿迟疑了一下，转头看向许振华：“教授，这次是二代短片段混搭单分子长片段，读长差异太大。常规流感拼接我们一般把K-mer窗口设在31到4。但这株病毒顾院士说包含欧亚猪流感的片段，GC含量在末端有突变，如果取31，短读长容易报死.........”
许振华闻言，思索片刻。
流感病毒的节段拼接最怕在发夹结构上断开。
然而还没等徐振华开口，张沐晨说道：“用动态自适应K-mer。”
许振华一愣，抬头看向他。
张沐晨继续解释道：“欧亚猪源的NA和M节段在第400到600个碱基区域存在二鸟嘌呤重复。用动态自适应K-mer，让算法根据局部覆盖深度自动滑窗跳跃然后再回落。”
话音落下，研究员李睿呆愣几秒。
与李睿不同，许振华教授摸着下巴微微颔首。
用动态步长绕过发夹结构，这思路完全没问题！
“妙啊。”许振华转头催促李睿，“在预处理模块里插一段动态权重，K-mer设为39到55自适应滑窗，立刻跑测试！”
“好.......好嘞！”李睿回神。
小插曲结束，张沐晨回到操作台前继续工作。
徐振华打量着他，目光里带着探究和好奇。
一个外科医生居然能阐述自适应K-mer，而且头头是道。
徐振华推了推眼镜，心里暗道：“这年轻人，怎么感觉深不可测啊？”
他不知道是，张沐晨前世读博期间研究的是各种神经病毒。
其中嗜神经病毒在基因组转录起始区和反向末端分布着高GC含量的回文和发夹结构，与欧亚猪源的NA基因特征相似。
.........
十分钟后，测试脚本编译通过。
许振华舒了口气，站起身活动活动身子。
系统全自动跑批需要几个小时，这段期间的其他任务交给手底下的实验员就可以。
许振华来到顾弘院士身边：“顾老，这个小张医生有两把刷子啊，居然还懂滑动窗口算法。”
顾弘呵呵一笑：“小徐啊，何止两把刷子，现在看来这位张医生不仅专精外科手术，还懂得病毒，也懂计算机。”
“最开始他说要主导实验，七天完成测序，我心里还犯嘀咕，觉得是年轻人心高气傲。等到共事两天，我忽然觉得他甚至说保守了。哪需要七天，我觉得五天就能完成。这是我见过最快，最高效的一次测序了。”
顾弘看着许振华，目光认真：“这孩子，有院士之姿啊。”
许振华咂了下嘴。
院士之姿？
我靠，我都还不是院士啊.......
徐振华：“顾老，您看.....我有院士之姿嘛？”
顾弘微笑，拍拍他的肩膀，没说话。
..........
中午十二点，一行人脱下防护装备来到病毒所的职工餐厅用餐。
正值饭点，食堂里坐满了人。
王所长特意安排了靠窗内侧的一张大圆桌，专供攻关组专家用餐。
顾弘院士、王所长、许振华教授、赵宏博教授等围坐一圈。
刚坐下没一会，许振华从口袋里掏出一张名片夹递到张沐晨面前：“小张医生，正式认识一下。我在中科院基因组所，主要负责国家高技术研究计划的超算分布式比对和高通量算法。”
“如果以后你在大数据分析或者超算资源上有需求，可以打我电话。”
徐振华的举动让桌上的气氛一变。
坐在旁边的赵宏博教授一看，那还了得？
我们共事两天的还没给名片呢，你这第一天来就递名片？
他赶紧放下了手里的筷子，摸出自己的名片：“对对对，还有我。沐晨，我们分子流行病学国家重点实验室随时欢迎你来交流，这是我的名片。”
“小张，这是我的，以后做实验少不了要打交道！”王所长也笑着递过去一张。
“我靠，你们这群人.....我没带名片啊.....”
给人孙明远教授急得爆粗。
顾弘院士不紧不慢的递上名片，呵呵笑着：“小张医生，这是我的名片，以后有需要多联系。”
转眼间，中科院院士、重点实验室主任、病毒所所长.......
几位在各大部委评审名单上才能见到的泰斗级人物纷纷掏出名片递到张沐晨面前。
这一幕，毫不保留的落在了周围吃饭的科研人员眼里。
病毒所的研究员们纷纷侧目而视。
“卧槽？什么情况？那不是中科院的许振华教授吗？还有顾院士和咱们王所！这是给谁递名片啊？”
“对啊？那是谁啊？看起来比我还小几岁吧？”
“看起来比你小十几岁吧，大哥！你也不照照镜子？”
“艹.......”
在一片震惊的目光中，张沐晨谦虚的接过几张名片，道谢收好。
............
第五天，晚上十点，P3实验室。
最后一组质控校验脚本运行完毕，主控终端发出提示音。
屏幕中央，测序读长全部收敛。
全基因组八个节段，13155个核苷酸，无一处缺失断裂，全长测序平均深度达到8600X。
正如顾弘院士预言的那样，原计划七天的攻坚在张沐晨的主导下，硬生生提前了两天。
站在屏幕前的几位专家心里长舒一口气。
“全长序列正确无误。”
“PB2与PA来自北美禽流感谱系。PB1明确为人H3N2谱系。HA、NP和NS来自于北美经典猪流感谱系。表面抗原NA和基质蛋白M节段来自欧亚类禽猪流感谱系上。”
赵宏博教授指着HA的抗原受体：“受体结合位点的第190位和225位都是天冬氨酸，偏好人类呼吸道的α-2，6唾液酸受体。这说明它在人群中具有极高的人传人适应性........”
没错了，这是一株新型变异毒株，具有人传人的特点。
一时间，教授们面露喜色。
这是该病毒全球首个全长基因组测序。
不过很快大家意识到目前的进度不过是冰山一角。
确定了病毒有人传人的特性，那么疫苗的研发刻不容缓。
东京疫情就是教训。
顾弘院士转头看向王所长：“我需要把全套数据封包，上报给国家应急指挥部和部委领导。”
“顾老放心，我立刻办。”王所长点头。
顾弘院士把目光移向其他人：“病毒攻坚的第一阶段我们拿下了，但硬仗才刚开始。接下来是最难的疫苗研发阶段。”
说到这里，顾弘院士转过头，视线落在张沐晨身上。
“张医生在这次测序中展现出的能力大家有目共睹，每一步都很精准，也很扎实。所以接下来的疫苗研发依旧由张医生担任负责人，统筹技术路线。大家有意见吗？”
听到这话，众教授们互相看了一眼，纷纷笑着摇头。
意见？
能有什么意见！
五天完成测序，那是他们想都不敢想的事情！而且如果真能按照张沐晨计划走下去，30天完成疫苗研发，那是足以载入国家公卫史册的大功绩！
我们巴不得张医生带着我们进步呢！
..........
第137章 《Nature》盲审！
一天后，顾弘院士乘坐专车，拿着机要档案袋来到卫生部。
这次的病毒测序属于国家最高等级生物安全敏感数据，必须呈报给相关领导。
二楼，会议室。
外事司、疾控局等相关负责人坐在一起，对严圣杰领导汇报全国重点口岸发热监测数据。
顾弘来到会议室。
严圣杰立刻抬起头，视线落在他手中的档案袋上，然后又看其他人：“港口等重点防线继续保持最高级别预警，对来自墨西哥，美国等疫情区的入境人员执行医学排查，绝不能放过任何一个疑似病例。”
“好了，今天就先到这。疾控局和外事司留下，其余人散会。”
“明白！”
参会人员迅速收拾材料，随后鱼贯而出。
会议室里空旷下来，只剩下严圣杰、顾弘，疾控局局长和外事司司长。
“顾老，坐。”严圣杰示意，“攻坚小组成立没多久，没想到顾老那边就出成果了。”
顾弘院士落座，将档案袋打开，取出两份比对图和分析白皮书。
“严部长，全长八个RNA节段，13155个核苷酸，无缝闭环。”
顾弘视线看向所有人一圈：郑重道：“病毒已经摸清楚了。包含北美猪、北美禽、人H3N2、欧亚类禽猪流感。”
疾控局李局长和外事司周司长纷纷一怔。
“顾老，这么快就测出来了？”
“是啊，攻坚组刚成立还不到一周吧？”
顾弘院士：“这次有张医生带队，测序完成的很快。根据测序结果，此次的病毒不是普通季节性变异，是大流行毒株，具有高度的人传人特点。”
这话一出，严圣杰和两位司局长都是眼神一凝。
虽然在港口防控的时候已经做好心理准备，但是当顾弘院士亲自定性病毒性质时，大家都是心情沉重。
非典历历在目。
防疫刻不容缓！
“疫苗研发工作正在同步开展。”顾弘院士继续汇报道，“严部长，我今天过来是向你报告病毒全基因组测序的成果，还有后续疫苗的推进工作。当然，还有一件事，我想请示部里，这次的测序全长数据是否对外公开？”
严圣杰闻言，手指敲了敲桌面。